Sonic reist zu den fernen Küsten des Never Lake für das einmal im Jahr erscheinende Little Planet - eine mysteriöse Welt, in der Vergangenheit, Gegenwart und Zukunft durch die Kraft der versteckten Time Stones aufeinander treffen. Sonic kommt an, um festzustellen, dass die einst wunderschöne Welt unter einer verdrehten metallischen Hülle gefangen ist. Sein Erzfeind, Dr. Eggman, ist auf der Suche nach den Time Stones und wird damit bald die Macht haben, die Zeit selbst zu kontrollieren! Um Dr. Eggmans hinterhältigen Plänen ein Ende zu setzen, muss Sonic die Kraft des Little Planet nutzen, um durch die Zeit zu reisen; indem er Dr. Eggmans Kontrolle über die Zukunft durch die Zerstörung seiner Maschinen in der Vergangenheit bricht und die fehlenden Time Stones wiederherstellt!
