Was auch immer für einen Weg Kyle Katarn wählt, er wird das Gesicht der Galaxie für immer verändern. Star Wars Jedi Knight: Dark Forces II setzt die Geschichte von Kyle Katarn fort, einem jungen Söldner, der erfolgreich in das Imperium eindringt und sich auf eine Suche nach seiner Vergangenheit begibt, um die Wege der Jedi zu erlernen. Um die Galaxie zu schützen, muss Katarn sich den Mördern seines Vaters stellen, angeführt vom Dunklen Jedi Jerec, und sie daran hindern, die mysteriösen Kräfte eines "Tals der Jedi" zu erlangen, einem Brennpunkt für die Macht der Jedi und einer Jedi-Begräbnisstätte. Während Katarn sich auf seine Reise begibt, um den Dunklen Jedi zu besiegen, muss er auch sein Schicksal formen, indem er sich dafür entscheidet, entweder dem hellen oder dem dunklen Pfad zu folgen.